Un día, mientras espera a su novia, Shinichi ve a unos hombres vestidos de negro. Su instinto le dice que traman algo y decide seguirles. Sus sospechas se confirman cuando es testigo de un crimen. Descubierto, es nokeado y forzado a beber una pócima. Cuando despierta, descubre que se ha convertido en un niño y que para volver a su condición normal tiene que descubrir los ingredientes de la pócima. Para no meterse en problemas Shinichi decide convertirse en Conan Edogawa e instalarse en casa de su novia ya que su padre tiene una agencia de detectives, lo que le permitirá obtener información de los hombres de negro. Así nace Detective Conan, quien con el talento de un genio, el cuerpo de un niño y las armas secretas creadas por el Dr. Agasa, resolverá crímenes para Kogoro y el Inspector Megure sin que ellos lo sepan. ¿Conseguirá Conan encontrar a los hombres de negro para volver a su estado normal?