Después del segundo impacto, todo lo que queda de Japón es Tokio-3, una ciudad que está siendo atacado por criaturas gigantes que buscan erradicar la especie humana, llamados Ángeles. Después de no ver a su padre durante más de ocho años, Shinji Ikari recibe una llamada telefónica, en la que se le vienen con urgencia a la Sede de NERV, una organización que se ocupa de la destrucción de los Ángeles a través del uso de mechs gigante llamado EVAS. Shinji tiene como objetivo poner a prueba el Eva Unidad 01, mientras que el trabajo en equipo con el piloto de Eva Unidad 00, Rei Ayanami.